Цистектомія – вилущування кістозної оболонки. Після цього рана зашивається наглухо. Показанням до операції є: кіста, яка виникла через порок епітелію, кіста в межах одного-двох зубів, кіста великих розмірів в областях, де відсутні зуби. При цій операції однокорінні зуби (які були причиною кісти) пломбуються, а багатокорінні, як правило, врятувати не вдається.

Альтернативою цистектомії є цистотомія. Ця операція не так травматична і легше переноситься хворим, але має більший післяопераційний період.