Цистэктомия — вылущивание кистозной оболочки. После этого рана зашивается наглухо. Показанием к операции есть: киста, которая возникла из-за порока эпителия, киста в пределах одного-двух зубов, киста больших размеров в областях, где отсутствуют зубы. При этой операции однокоренные зубы (которые были причиной кисты) пломбируются, а многокоренные как правило спасти не удается.

Альтернативой цистэктомие есть цистотомия. Эта операция не так травматична и легче переносится больным, но у нее больший послеоперационный период.